화운사의 대웅전(大雄殿)과 선원(禪院)에 각각 목불좌상 1구씩 본존불(本尊佛)로 봉안되어 있는 이 두 목불좌상「아미타불, 약사불」은 화운사 중창주 월조 지명스님이 1960년대 금산사에서 이운해 온 불상이다. 사실 19세기까지 금산사에는 굉장히 규모가 큰 건물군이 90동이 있었다고 한다. 이 건물에는 수많은 불보살상이 봉안되어 있었는데 지금은 10여동 밖에 남아있지 않다. 옛 불상 역시 몇 구 밖에 없었으나 아쉽게도 1986년 28간의 대적광전(大寂光殿)마저 화재로 소실된 후 새로 조성하였기 때문에 당시의 5방불은 없다. 현재 금산사 대장전(大藏殿)에 봉안되어 있는 목석가불좌상이 화운사 목불좌상의 특징과 거의 유사한 편이며, 1635년에 완성된 불사 때 다 같이 조성된 불상임을 알 수 있다. 이 목불좌상을 조사한 결과 금산사에서 화운사로 이안한 이래 10여년 전과 최근 2002년 두 차례에 걸쳐 개금(改金)한 사실이 있었는데 이때 복장기가 상당히 훼손되었다. 2002년 개금할 때는 현 상태와 비슷하였으며, 1차 개금 때 일부 복장이 없어졌다. 이 목불좌상은 대좌와 광배가 전혀 없이 불상만 있지만 불상은 완전한 편이다. 아미타불, 약사불에 대한 발원문과 복장물 일부를 분실 하였으나, 두 복장에서 조성기와 시주실이 발견되어 불상의 조성 년대와 참여자일부 그리고 불상의 명칭 등을 알 수 있다. 특히 1628년(인조 6)에 조성되었다는 사실과 불상의 형태나 의습처리 양식에서 17세기 전반의 조선조 목불상의 대표적 작품으로 불교문화와 조각사 연구에 크게 기여할 수 있는 귀중한 문화재로 인정받아 2006년 6월 경기도 유형문화재 제200호로 지정되었다.